生态系统研究经常报告池和通量的值，但没有任何指示 的不确定性. 这种遗漏源于计算的复杂性和多重性 涉及的不确定性来源(e.g.，自然变率，测量误差，模型 结构，模型参数)和复制观测的困难 在相关的尺度上. 不确定性的估计对于确定 观察到的差异的意义，用于分析随时间变化的趋势，并用于指导 未来研究投资.
QUEST研究协调网络致力于推进不确定性分析 在生态系统研究中. 工作的重点是推广和研究量化的不确定性 在五个主题领域:土壤，生物量，大气沉积，水流输出， 生态系统预算.
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